RTF VI: Sequenzbasiertes Profiling

Koordinatoren: P. Rosenstiel (CAU), A. Franke (CAU)

RTF VI „Sequenzbasiertes Profiling“ entwickelt Werkzeuge zur molekularen Profilerstellung von Patientinnen und Patienten für die Präzisionsmedizin und ermöglicht einen zuverlässigen Zugriff auf Sequenziermethoden und bioinformatische Ressourcen. Die Struktur wird unter anderem für die Biomarker-Analyse in großen Kohorten des Clusters eingesetzt.

RTF VI basiert auf umfangreichen und langewährenden Vorarbeiten (seit 2007) im „Next Generation Sequencing“ (NGS). Die NGS-Plattform in Kiel (Competence Center for Genome Analysis Kiel, CCGA) wurde in den letzten Jahren fortlaufend erweitert und vergrößert, mittlerweile gehört sie zu den größten akademischen Einrichtungen ihrer Art. NGS-Daten der Plattform wurden erfolgreich in mehreren internationalen und sehr sichtbaren Forschungsprojekten eingesetzt, z.B. dem 1000 Genome Projekt, IHEC/DEEP, gEUVADIS, EASI Genomics, ReaDNA und ICGC.

Der Forschungsbereich stellt flexible und skalierbare Sequenzier-Technologien in den Bereichen Genetik, Epigenetik, funktionelle Genomik und Mikrobiomforschung zur Verfügung. Speziell werden die dafür notwendigen Laborverfahren standardisiert, diagnostische Werkzeuge und Sequenziermethoden entwickelt sowie integrative Ansätze für Genomik-Proteomik-Metabolomik etabliert. Innovative Ansätze sind in der Erprobung, um komplexe Gewebe auf Einzelzellebene zu betrachten.

Die Größe der Plattform und deren internationale sowie nationale Sichtbarkeit machen RTF VI einzigartig. Die angebotene Breite an Laborprotokollen, d.h. die Diversität des Portfolios, sind ein weiteres charakteristisches Kennzeichen der Plattform. Der hohe mögliche Durchsatz erlaubt das Prozessieren von mehreren Tausend Proben innerhalb kürzester Zeit. Die Einzelzelltechnologien erlauben die Beschreibung neuer Zelltypen und -zustände mit höchster Auflösung.

RTF VI wird hochaufgelöste Profile für einzelne Patientinnen und Patienten zur Verfügung stellen. Damit werden Erkrankte in PMI auf molekularer Ebene „gläsern“ gemacht und somit objektiv analysiert werden. Die Forschenden wollen neben der Aufklärung von Krankheitsursachen beim einzelnen Patienten mit Hilfe ihrer modernen Technologien neue Biomarker zur Früherkennung von Krankheiten oder zur Therapiesteuerung finden. Des Weiteren beschäftigen sich die Beteiligten mit der Fragestellung wie sie die komplexen Daten für Ärzte (Befundberichte) und eventuell auch für die Betroffenen verständlich darstellen und zurückmelden können.

RTF I für Genomik, RTF II für mikrobielle Analysen, RTF III für iPSC/Organoid Forschung und RTF V für Integration von Proteomik und Metabolomik. Die Proben für RTF VI kommen primär aus den klinischen Projekten CD-1, CD-2 und CD-5.

Worauf baut die Arbeit des Forschungsbereichs auf?

Was sind die wichtigsten Forschungsziele?

Was zeichnet den Forschungsbereich aus?

Was ist der Beitrag Ihres Forschungsbereichs zu einer Präzisionsmedizin für chronische Entzündungserkrankungen?

Zusammenarbeit mit anderen Forschungsbereichen im Cluster

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