RTF VI: Sequenzbasiertes Profiling

Koordinatoren: P. Rosenstiel (CAU), A. Franke (CAU)

RTF VI „Sequenzbasiertes Profiling“ entwickelt Werkzeuge zur molekularen Profilerstellung von Patientinnen und Patienten für die Präzisionsmedizin und ermöglicht einen zuverlässigen Zugriff auf Sequenziermethoden und bioinformatische Ressourcen. Die Struktur wird unter anderem für die Biomarker-Analyse in großen Kohorten des Clusters eingesetzt.

Worauf baut die Arbeit des Forschungsbereichs auf?

RTF VI basiert auf umfangreichen und langewährenden Vorarbeiten (seit 2007) im „Next Generation Sequencing“ (NGS). Die NGS-Plattform in Kiel (Competence Center for Genome Analysis Kiel, CCGA) wurde in den letzten Jahren fortlaufend erweitert und vergrößert, mittlerweile gehört sie zu den größten akademischen Einrichtungen ihrer Art. NGS-Daten der Plattform wurden erfolgreich in mehreren internationalen und sehr sichtbaren Forschungsprojekten eingesetzt, z.B. dem 1000 Genome Projekt, IHEC/DEEP, gEUVADIS, EASI Genomics, ReaDNA und ICGC.

Was sind die wichtigsten Forschungsziele?

Der Forschungsbereich stellt flexible und skalierbare Sequenzier-Technologien in den Bereichen Genetik, Epigenetik, funktionelle Genomik und Mikrobiomforschung zur Verfügung. Speziell werden die dafür notwendigen Laborverfahren standardisiert, diagnostische Werkzeuge und Sequenziermethoden entwickelt sowie integrative Ansätze für Genomik-Proteomik-Metabolomik etabliert. Innovative Ansätze sind in der Erprobung, um komplexe Gewebe auf Einzelzellebene zu betrachten.

Was zeichnet den Forschungsbereich aus?

Die Größe der Plattform und deren internationale sowie nationale Sichtbarkeit machen RTF VI einzigartig. Die angebotene Breite an Laborprotokollen, d.h. die Diversität des Portfolios, sind ein weiteres charakteristisches Kennzeichen der Plattform. Der hohe mögliche Durchsatz erlaubt das Prozessieren von mehreren Tausend Proben innerhalb kürzester Zeit. Die Einzelzelltechnologien erlauben die Beschreibung neuer Zelltypen und -zustände mit höchster Auflösung.

Was ist der Beitrag Ihres Forschungsbereichs zu einer Präzisionsmedizin für chronische Entzündungserkrankungen?

RTF VI wird hochaufgelöste Profile für einzelne Patientinnen und Patienten zur Verfügung stellen. Damit werden Erkrankte in PMI auf molekularer Ebene „gläsern“ gemacht und somit objektiv analysiert werden. Die Forschenden wollen neben der Aufklärung von Krankheitsursachen beim einzelnen Patienten mit Hilfe ihrer modernen Technologien neue Biomarker zur Früherkennung von Krankheiten oder zur Therapiesteuerung finden. Des Weiteren beschäftigen sich die Beteiligten mit der Fragestellung wie sie die komplexen Daten für Ärzte (Befundberichte) und eventuell auch für die Betroffenen verständlich darstellen und zurückmelden können.

Zusammenarbeit mit anderen Forschungsbereichen im Cluster

RTF I für Genomik, RTF II für mikrobielle Analysen, RTF III für iPSC/Organoid Forschung und RTF V für Integration von Proteomik und Metabolomik. Die Proben für RTF VI kommen primär aus den klinischen Projekten CD-1, CD-2 und CD-5.

Mitglieder

Prof. Dr. rer. nat. Norbert Arnold

Vollmitglied

UKSH Campus Kiel
Klinik für Gynäkologie und Geburtshilfe
Onkologisches Labor

Prof. Dr. rer. nat. Petra Bacher

Vollmitglied

UKSH Campus Kiel
Institut für Immunologie

Prof. Dr. John Baines

Vollmitglied

Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie
Institut für Experimentelle Medizin
Evolutionäre Genomik

Prof. Dr. Lars Bertram

Vollmitglied

Universität zu Lübeck
Plattform für Genomanalytik

Prof. Dr. David Ellinghaus

Vollmitglied

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Institut für Klinische Molekularbiologie
Zentrum für Molekulare Biowissenschaften (ZMB)

Prof. Dr. Jeanette Erdmann

Vollmitglied

Universität zu Lübeck
Institut für Kardiogenetik

Dr. rer. nat. Maren Falk-Paulsen

Assoziiertes Mitglied

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Institut für Klinische Molekularbiologie
AG Prof. Rosenstiel

Prof. Dr. rer. nat. Andre Franke

Vollmitglied

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Institut für Klinische Molekularbiologie
Genetics & Bioinformatics

Prof. Dr. Dr. Jens Habermann

Vollmitglied

UKSH Campus Lübeck
Klinik für Chirurgie

Dr. rer. nat. Robert Häsler

Vollmitglied

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Institut für Klinische Molekularbiologie
Molecular Cell Biology

Prof. Dr. Saleh Ibrahim

Vollmitglied

UKSH Campus Lübeck
LIED - Lübecker Institut für Experimentelle Dermatologie
Genetics of Inflammatory Diseases

Prof. Dr. med. Ralf Junker

Vollmitglied

UKSH Campus Kiel
Institut für Klinische Chemie
Zentrallabor

PD Dr. Kathrin Kalies

Vollmitglied

Universität zu Lübeck
Institut für Anatomie

Prof. Dr. med. Wolfram Klapper

Vollmitglied

UKSH Campus Kiel
Institut für Pathologie
Sektion Hämatopathologie

Prof. Dr. Inke König

Vollmitglied

Universität zu Lübeck
Institut für Medizinische Biometrie und Statistik

Prof. Dr. rer. nat. Ben Krause-Kyora

Vollmitglied

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Institut für Klinische Molekularbiologie
Ancient DNA Research

Prof. Dr. rer. nat. Michael Krawczak

Vollmitglied

UKSH Campus Kiel
Institut für Medizinische Informatik und Statistik

Prof. Dr. Tanja Lange

Vollmitglied

UKSH Campus Lübeck
Klinik für Rheumatologie und klinische Immunologie

Dr. Tobias Lenz

Vollmitglied

Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie
Evolutionäre Immunogenomik

Dr. rer. nat. Britt-Sabina Löscher

Assoziiertes Mitglied

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Institut für Klinische Molekularbiologie
Zentrum für Molekulare Biowissenschaften (ZMB)

Priv.-Doz. Dr. Franz-Josef Müller

Vollmitglied

UKSH Campus Kiel
Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie
Zentrum für Integrative Psychatrie ZIP gGmbH

Prof. Almut Nebel

Vollmitglied

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Institut für Klinische Molekularbiologie
Longevity Ancient DNA Research

Prof. Dr. Stefan Niemann

Vollmitglied

Forschungszentrum Borstel - Leibniz Lungenzentrum
Molekulare und Experimentelle Mykobakteriologie
Programmbereich Infektionen

Prof. Dr. Dirk Nowotka

Vollmitglied

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Institut für Informatik
Zuverlässige Systeme

Prof. Dr. rer. nat. Alexander Scheffold

Vollmitglied

UKSH Campus Kiel
Institut für Immunologie

Prof. Dr. med. Stefan Schreiber

Sprecher

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
Institut für Klinische Molekularbiologie

Prof. Dr. med. Dominik Schulte

Vollmitglied

UKSH Campus Kiel
Klinik für Innere Medizin I

Prof. Dr. Markus Schwaninger

Vollmitglied

Universität zu Lübeck
Institut für Experimentelle und Klinische Pharmakologie und Toxikologie

Florian Tran

Assoziiertes Mitglied

UKSH Campus Kiel
Klinik für Innere Medizin I

Dr. Artem Vorobyev

Assoziiertes Mitglied

UKSH Campus Lübeck
LIED - Lübecker Institut für Experimentelle Dermatologie
Model Systems of Inflammatory Skin Diseases

Prof. Dr. Xinhua Yu

Vollmitglied

Forschungszentrum Borstel - Leibniz Lungenzentrum
Immunbedingte Lungenerkrankungen
Programmbereich Asthma und Allergie